s_browse_sub ($browse_parent_sub, $browse_template, $ignore_check = 0, $where_cond = "")

В четвертом параметре можно указать свои условия выборки разделов.
Т.е. вы можете предварительно добавить к каждому разделу дополнительное поле, в котором укажете, в каком меню отображать (в левом, правом, везде..).
И потом при вызове функции уточнить запрос к базе данных.

Допустим, мы создали в системной таблице разделы поле MenuID и забили для разделов, которые в левом меню, цифирь 1

Для вызова меню просто добавляем условие типа:
s_browse_sub ($browse_parent_sub, $browse_template, 0, "MenuID='1'")

У каждого раздела в настройках есть блок "Дополнительные поля". Там отображаются поля, которые вы добавили в системной таблице Разделы.